Como es habitual, a primera hora de la mañana del miércoles 12 de enero, Juanfran pasó reconocimiento médico antes de cerrar su fichaje por el Club Atlético de Madrid. Un examen, que tuvo lugar en la Clínica Universitaria de la Sociedad de Prevención de Fremap en Las Rozas y fue totalmente satisfactorio. El Jefe de los Servicios Médicos del Club Atlético de Madrid, Don José María Villalón, fue el encargado de llevar a buen puerto el reconocimiento.

Un completo examen médico que se alargó por espacio de tres horas y media, y que constó de analítica completa (sangre y orina), mapa radiológico del aparato locomotor, ecografía abdominal, ecografía prostática, exploración cardiológica (electrograma, cardiológica), espirometría, audiometría aérea, revisión oftalmológica y prueba de esfuerzo. Además, el jugador fue sometido a un estudio nutricional, antropométrico y podal.